Zāļu valsts aģentūra ir Latvijas Republikas Veselības ministrijas pārraudzībā esoša valsts iestāde.

Aģentūras darbības mērķis ir nodrošināt efektīvu, drošu un kvalitatīvu zāļu pieejamību Latvijas iedzīvotājiem.

Zāļu valsts aģentūra dibināta 1996. gada 9.oktobrī, pamatojoties uz Latvijas Republikas Ministru kabineta 1996.gada 9.oktobra rīkojumu Nr. 403 "Par bezpeļņas organizāciju valsts akciju sabiedrība "Valsts zāļu aģentūra"".

Ar LR Ministru kabineta 1996.gada 9.oktobra rīkojumu Nr. 404 "Par bezpeļņas organizācijas valsts akciju sabiedrības "Valsts zāļu aģentūra" par aģentūras ģenerāldirektoru ieceļ Jāni Ozoliņu un apstiprina padomi".
 
2004. gada 11. oktobrī LR Ministru kabinets (rīkojums Nr. 748) saskaņā ar Publisko aģentūru likuma 8.panta pirmo daļu Valsts zāļu aģentūru reorganizē. Tiek izveidota Zāļu valsts aģentūra. Par direktoru Ministru kabinets atkārtoti ieceļ Jāni Ozoliņu.

2005. gada 25. aprīlī Zāļu valsts aģentūras direktors Jānis Ozoliņš traģiski iet bojā.

2005. gada 2. novembrī LR Ministru kabinets (rīkojums Nr.707 ) par Zāļu valsts aģentūras direktori ieceļ Ingunu Adoviču.